Le distanze di rispetto dei comignoli sono stabilite dal Regolamento Edilizio comunale, quindi nessuno qui può risponderti.
Spesso i regolamenti comunali riprendono comunque le indicazioni delle normative generali relative alla sicurezza, per cui presumibilmente dovresti avere un metro dal comignolo se si ritiene che il modulo fotovoltaico rappresenti un ostacolo all'uscita dei fumi. Se il modulo è integrato nella copertura, sicuramente non rappresenta un ostacolo. Se invece è sopra-coppo, allora effettivamente potrebbe rappresentare un ostacolo.
Considera però che il comignolo deve stare a 1.50m dal confine di proprietà, quindi devi vedere se il tetto è condominiale (nel qual caso non esiste un vero confine di proprietà, e non puoi dire "sono nella mia parte di tetto") o privato (nel qual caso è il comignolo ad essere posizionato male).
Se il comignolo non è vicino al colmo (come mi sembra di capire dal fatto che ci sia un modulo ftv vicino), la sua bocca deve stare a 1.30m dalla superficie del tetto, per cui devi vedere se installando i pannelli tu non abbia ridotto questa altezza. Se la bocca del comignolo non è almeno 50cm più alta del colmo o non è almeno 1.30 dalla superficie del tetto, puoi chiedere tu che sia lui a mettere a norma il comignolo.

le certificazioni le avrai sui prodotti e sull'impianto (di.co. dichiarazione di conformità redatta dall'installatore), ma questo non significa che l'abbiano fatto effettivamente in regola (in quel caso spetta a loro sistemare essendo una loro lacuna.... )

esiste una guida del ministero dell'interno :
https://www.vigilfuoco.it/allegati/PI/DisposizioniGeneraliPI/COORD_NOTA_...
" In ogni caso i moduli, le condutture, gli inverter, i quadri ed altri eventuali apparati non dovranno essere installati nel raggio di 1 m dagli evacuatori di fumo e calore."

https://www.ediltecnico.it/113754/normativa-antincendio-impianti-fotovol....